Εκτεταμένη επιφανειακή έρευνα στις νότιες ακτές του Ρεθύμνου, έφερε στο φως λίθινα εργαλεία, όπως αχελαίους χειροπελέκεις και κοπείς, της Κατώτερης και Μέσης Παλαιολιθικής περιόδου στις περιοχές Πρέβελης, Σχοινάρια, Τίμιος Σταυρός και Κοτσυφού. Τα εργαλεία αυτά, κατασκευασμένα από τοπικό χαλαζία, με τα πρωιμότερα να χρονολογούνται τουλάχιστον στα 130.000 χρόνια πριν από σήμερα, αποτελούν ισχυρή ένδειξη για το πρώτο διά θαλάσσης πέρασμα των ανθρωπίδων, του είδους του Homo erectus ή Homo heidelbergensis, στις νότιες ακτές της Κρήτης από τον ελλαδικό ηπειρωτικό κορμό ή τις βόρειες ακτές της Αφρικής.

Την ανθρώπινη παρουσία στις νότιες ακτές του Ρεθύμνου κατά τη Μεσολιθική περίοδο επιβεβαιώνει η εύρεση λίθινων εργαλείων, όπως ξέστρων, κοπέων, λεπίδων και μικρολιθικών εργαλείων, κατασκευασμένων από τοπικό χαλαζία και κερατόλιθους. Τα ευρήματα αυτά εντοπίστηκαν κατά τη διάρκεια επιφανειακής έρευνας στις περιοχές Δαμνόνι, Αμμούδι, Σχοινάρια, Τίμιος Σταυρός, Πρέβελης και Άγιος Παύλος, καθώς και από την ανασκαφή σπηλαίου στο Δαμνόνι, κατά την οποία ανακαλύφθηκαν και λίγα εργαλεία από οψιανό μηλιακής προέλευσης, γεγονός που παρέχει σημαντική πληροφόρηση για την επικοινωνία και το εμπορικό δίκτυο κατά την περίοδο αυτή.